《生命科学》 2024, 36(12): 1572-1587

空间转录组检测技术研究进展及展望

冯学超 , 邵雨彤 , 曹群发 , 李佳豪 , 张衙楠 , 李文琰 , 韩峻松 , 张晓娜 , 蒋　敏^*

上海生物芯片有限公司，生物芯片上海国家工程研究中心，上海 201203

摘　要：

空间转录组技术是一种通过测序或成像技术，在组织中进行基因空间表达检测的技术手段。该技术结合图像和建模分析算法，可以获得基因表达和各种细胞类型在组织中的空间分布模式。本文总结了空间转录组的实验检测原理和数据分析方法。在实验方法上，将目前的空间转录组技术分为三种类别，并详
细描述每种类别实验技术的原理和特征；在数据分析上，按照数据前处理、基础生物学信息挖掘、细胞注释和组织微环境特征分析的顺序，描述其算法的原理和应用方向；最后，总结了空间转录组技术的局限性和未来发展方向，希望能为基础医学和分子生物学的科研工作者提供帮助。

通讯作者：蒋　敏 , Email:jiangmin@shbiochip.com

Research progress and prospects of spatial transcriptomic technology

FENG Xue-Chao , SHAO Yu-Tong , CAO Qun-Fa , LI Jia-Hao , ZHANG Ya-Nan , LI Wen-Yan , HAN Jun-Song , ZHANG Xiao-Na , JIANG Min^*

Shanghai Biochip Co., Ltd., National Engineering Center for Biochip at Shanghai, Shanghai 201203, China

Abstract:

Spatial transcriptomics provides spatially gene expression profiles in tissues via sequencing or imaging. Combined with algorithms for image analysis and modeling, spatial transcriptomics can offer the locations of genes and cell types in tissues. Here, we summarize the technical  principles and data exploring methods of spatial transcriptomics. We divide the experiment technologies into three categories and describe their characteristics in detail and introduce the principle and application of  various data exploring methods for pre-processing, basic
bioinformation analysis, cell annotation and interpreting specific tissue microenvironment. Finally, we highlight the
limitations and future development of spatial  transcriptomics, hoping to provide assistance to  researchers in basic medicine and molecular biology fields.

Communication Author：JIANG Min , Email:jiangmin@shbiochip.com